No sé si me explico. En el ejemplo de Mozilla los colores son un código que se queda en el desarrollo de la web, para indicar a otros equipos una jerarquía, un funcionamiento o una información. El color no se transmite al diseño visual final.

Por el contrario, cuando he usado el color en algún WF ha sido para comunicar al equipo de diseño visual que determinado elemento DEBE ser de ese color (o equivalente). Por ejemplo, cuando en un listado de movimientos quiero que una cifra negativa se muestre en rojo, así lo marco en el wireframe. O cuando quiero transmitir la necesidad de utilizar un código de colores para resolver determinado problema. Es decir, siempre con la intención de que dicha indicación se refleje en el producto final, no como código de comunicación interno. Me parece complicado combinar ambas técnicas.